Guide pratique · 6 min de lecture · mis à jour novembre 2026

Logiciel de gestion de CPTS : comment bien le choisir.

Tableurs, dossiers partagés, fils de mails : ils tiennent un temps, puis la CPTS grandit. Ce qu'un logiciel de gestion doit faire pour une CPTS, et les questions à poser avant de choisir.

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Un tableau de bord ouvert sur un ordinateur portable
Le tableau de bord du contrat ACI : missions, actions et indicateurs
Suivi du contrat ACI, dans CPTS Pilot

Pourquoi un logiciel fait pour les CPTS

Une CPTS est une association, mais elle ne se gère pas comme une autre. Elle tient un contrat ACI sur plusieurs années, avec des missions, des actions et des indicateurs ; elle répartit un budget entre ces actions ; elle indemnise des professionnels de santé pour leur temps ; elle rend des comptes à l'ARS et à la CPAM lors du dialogue de gestion, et à ses adhérents en assemblée générale.

Un outil généraliste (tableur, gestionnaire de tâches, logiciel d'association) couvre un morceau de tout cela, rarement le lien entre les morceaux. Or c'est ce lien qui compte : la réunion qui produit une feuille d'émargement, qui produit une indemnisation, qui s'impute sur une action, qui nourrit un indicateur.

Il existe deux grandes familles d'outils pour les CPTS, et elles ne répondent pas au même besoin :

Coordonner les soins

Aider les soignants du territoire à se parler autour des patients : messagerie, adressage, parcours.

Gérer l'association

Aider la CPTS à tenir son contrat, son argent et ses instances. C'est l'objet de ce guide.

Ce qu'un logiciel de gestion de CPTS doit couvrir

  • Le contrat ACI : les missions socle et optionnelles, les actions, les indicateurs et leurs cibles, les justificatifs attendus.
  • La trésorerie à deux budgets : l'argent des actions du contrat d'un côté, le fonctionnement de l'association de l'autre ; le payé, l'engagé et ce qui reste par action.
  • L'indemnisation des professionnels : le temps déclaré ou émargé, les taux votés par la CPTS selon le statut de chacun, les frais, le relevé que le professionnel vérifie, jusqu'au virement.
  • Les réunions et les groupes de travail : ordre du jour, émargement, compte rendu, tâches, rangés au bon endroit.
  • Le Bureau, le CA et l'assemblée générale : la composition, les mandats datés, les convocations, les procès-verbaux.
  • Le dialogue de gestion : un dossier qui se prépare à partir de ce qui a été fait dans l'année, pas une compilation de dernière minute.
  • Les adhésions et la communication avec les membres.

Les questions à poser avant de choisir

  1. Parle-t-il la langue d'une CPTS ? Missions, actions, part fixe et part variable, indicateurs : ou faut-il tout traduire dans un vocabulaire d'entreprise ?
  2. Chaque rôle a-t-il son espace ? Présidence, trésorerie, secrétariat, coordination, référents : chacun doit voir ce dont il a besoin, et seulement cela.
  3. Applique-t-il VOS règles ? Vos taux d'indemnisation, vos statuts de membres, vos conventions, vos cycles de paiement. Une CPTS ne ressemble pas à sa voisine.
  4. Va-t-il jusqu'au bout du circuit ? De la déclaration au virement, de la réunion au compte rendu, de l'action à l'indicateur : sans ressaisie entre deux outils.
  5. Prépare-t-il le dialogue de gestion ? Demandez à voir le document produit.
  6. Reprend-il votre année en cours ? Changer d'outil en plein exercice ne doit pas vouloir dire repartir de zéro.
  7. Le prix est-il clair ? Ce qui est inclus, ce qui est en option, la durée d'engagement.
  8. Qui vous accompagne ? Une prise en main par rôle vaut mieux qu'un mode d'emploi envoyé par mail.

Les données de la CPTS

Un logiciel de gestion de CPTS traite les données des membres (coordonnées, coordonnées bancaires pour les virements, présences) : il doit respecter le RGPD, dire où les données sont hébergées et donner à chacun un accès personnel, jamais un mot de passe partagé.

Il n'a en revanche besoin d'aucune donnée de patient. Un outil qui en contient doit être hébergé chez un hébergeur certifié pour les données de santé (HDS) : posez la question, et préférez un outil de gestion qui n'en stocke pas.

Bien démarrer

  1. Choisir avant un nouvel exercice, ou reprendre l'année en cours avec l'éditeur.
  2. Rassembler ses règles : statuts, règlement intérieur, taux d'indemnisation votés, contrat ACI et ses avenants.
  3. Former chaque rôle sur ce qui le concerne, plutôt que tout le monde sur tout.
  4. Garder un seul endroit pour les documents : c'est la mémoire de la CPTS quand l'équipe change.

Pour aller plus loin : le contrat ACI expliqué simplement et gérer une CPTS au quotidien.

En bref

Qu'est-ce qu'un logiciel de gestion de CPTS ?

C'est l'outil qui aide l'association à tenir son contrat ACI, son argent et ses instances : le suivi des missions et des indicateurs, la trésorerie, l'indemnisation des professionnels de santé, le Bureau, le CA et l'assemblée générale, la préparation du dialogue de gestion avec l'ARS et la CPAM.

Quelle différence avec un outil de coordination des soins ?

Un outil de coordination des soins aide les soignants à se parler autour des patients. Un logiciel de gestion aide l'association qui porte la CPTS à fonctionner. Les deux sont complémentaires, et un logiciel de gestion n'a besoin d'aucune donnée de patient.

Une CPTS a-t-elle besoin d'un hébergeur de données de santé (HDS) ?

Seulement si l'outil contient des données de santé de patients. Un logiciel qui gère l'association (membres, réunions, budget, indemnisations) n'en contient pas : il doit en revanche respecter le RGPD pour les données des membres.

Quand changer d'outil ?

Le plus simple est de démarrer avec un nouvel exercice ACI, en reprenant l'année en cours : les budgets, les membres et les règles d'indemnisation de la CPTS sont repris une fois, puis chaque rôle est formé.

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